1个PCT专利申请要历经国际阶段和国家阶段。国际申请先要进行国际阶段程序的审查，随后到国家阶段程序审查。申请的提出、国际检索和国际初步审查在国际阶段完成，是否授予专利权的工作在国家阶段由被指定的每个知识产权局完成。
国际阶段是国际申请审批程序的第一阶段。它包括国际申请的受理、形式审查、国际检索和国际公布等必经程序以及可选择的国际初步审查程序。
中国申请人可直接通过代理机构向中国专利局提出国际申请，国际阶段中除国际公布由世界知识产权组织国际局统一进行外，其它程序都在中国专利局进行。
形式审查是指中国国家专利局对申请人提交的国际申请文件是否合乎PCT的要求、有关文件是否是在规定的期限内提交、申请人是否足额交纳了有关费用等事项进行审查。
国际检索是指中国国家专利局按PCT的规定对国际申请主题进行检索，找出与其相关的已注册专利并指明其相关程度，通常中国专利局在自国际申请日起4个月内作出国际检索报告。
国际初步审查是指中国专利局根据申请人的请求对国际申请进行审查，并对申请人的发明是否具有新颖性、创造性和工业实用性提出初步的、无约束力的意见;通常中国专利局在收到国际初步审查要求之日起9个月内作出国际初步审查报告。
国家阶段是国际申请审批程序的第二阶段，国家阶段是由申请人所选定国家的专利局分别进行。
在国际阶段中未在自优先权日起十九个月内要求国际初步审查的国际申请， 其进入国家阶段的期限是自优先权日起20个月;在自优先权日起十九个月内提出国际初步审查要求的国际申请，其进入国家阶段(选定局)的期限是自优先权日起30个月。
在国家阶段，受理该国际申请的受理局必须按各指定国的规定向各指定国的专利局递交国际申请文件的译本和缴纳规定的费用。
国际申请进入国家阶段之后，由选定国所属专利局按国专利法规定对国际申请进行审查，并各自独立决定是否授予专利权。